重庆抗战遗址博物馆地处长江南岸的南山风景区内，海拔540米—580.1米，占地面积280亩，是集自然景观与人文景观为一体的历史遗址类博物馆。

博物馆所在的重庆黄山抗战旧址群，是抗战时期国民政府军事委员会委员长办公及居住地，是中华民国重要政治人物及相关机构在战时首都重庆留下的遗迹，其主体由十五处与抗战历史紧密相关的文物建筑构成，包括云岫楼、松厅、孔园、莲青楼、草亭、松籁阁、云峰楼、黄山小学、周至柔旧居、侍从室、侍卫室、望江亭、防空洞、发电房、炮台山等。

1938年12月8日，军政高层入驻黄山，黄山遂成为当时国民政府军事、政治、文化、外交的重要场所，是国共两党第二次合作的重要政治舞台，是世界反法西斯战争远东战区的指挥中心。重庆黄山抗战旧址群是重庆乃至整个西部地区对外开放的抗战遗址中保护最完好、规模最宏大的一处，2013年被列为第七批全国重点文物保护单位，2016年入选了“首批中国20世纪建筑遗产名录”。重庆黄山抗战旧址群的历史建筑均为民国时期建造的官邸式建筑，具有典型中西合璧的折衷主义风格和浓郁的山地特色，是西南地区近现代建筑发展变革的例证之一，对于研究重庆近代建筑发展史具有重要的参考价值。

博物馆是国家二级博物馆、海峡两岸交流基地、国家AAAA级旅游景区、全国中小学生研学实践教育基地、重庆市中小学社会实践教育基地、中国宋庆龄基金会“时代小先生”重庆市示范基地、重庆市爱国主义教育基地、重庆市国防教育基地、全市关心下一代党史国史教育基地。