重庆市北碚国家大学科技园以生态环保高新技术、农业生物高新技术、机电仪一体化和新材料为主导孵化方向。其中生态环保高新技术主要为三峡库区生态环境保护、国家可持续发展实验、示范区、国家生态试验、示范区建设及西部大开发服务；农业生物高新技术主要为三峡库区移民安稳发展和西南丘陵山地现代农业服务；机电仪一体化和新材料主要为解决国家高度重视的三峡库区产业"空虚化"问题和建设长江上游新型工业化基地服务。